Hontanar se encuentra situado "en un valle circundado de altas sierras, y por lo tanto profundo y ahogado". Pertenece a la comarca de los Montes de Toledo y linda con los términos municipales de Navas de Estena, Horcajo de los Montes y Retuerta de Bullaque en la provincia de Ciudad Real y, Los Navalmorales, Navahermosa, Mensalbas, San Pablo de los Montes y Los Navalucillos en la provincia de Toledo.
Le bañan los arroyos Pasadero y Cedena que nacen en los Montes de Toledo y se unen en la antigua población de Malamoneda conservando el nombre del último hasta desembocar en el Tajo.
Otro arroyo denominado Las Lanchas, nace a los pies de las sierras, en la zona denominada la Tejera, y está seco en los meses de verano porque el agua que surte a Hontanar es gracias a una captación natural al principio de dicho arroyo.
El origen de Hontanar es incierto, pues no hay noticias de que fuese lugar poblado en la relación de aldeas y pueblos que se mencionan por Fernando III en 1243, cuando el rey vende Los Montes al ayuntamiento de Toledo, ya que entre ellos no figura el nombre de Hontanar.
Siglos después, cuando se contesta a los enviados del rey Felipe II en el siglo XVI sobre su origen y fundación, los vecinos del lugar dicen que se fundó doscientos años atrás, por lo que suponemos que comenzó su existencia a mediados del siglo XIV, es decir partir de 1.576.
La despoblación del antiquísimo y cercano lugar de Malamoneda, abandonado por insalubre, consolidó la población de Hontanar, en un paraje más sano y, como indica su nombre, bien surtido de fuentes de agua.
Los importantes testimonios arqueológicos que señalan el rico pasado en este paraje han llevado a su declaración de Bien de Interés Cultural, un monumento con la categoría de Yacimiento Arqueológico.
A mediados del siglo XIX tenía 60 casas y en tiempos antes de la guerra civil llegó a tener cerca de 400 vecinos, unos en Hontanar, otros en la Torre de Malamoneda y otros en las fincas. En la actualidad tiene mas de 3.000 hectáreas en el Parque Nacional de Cabañeros.